bom-dia, boa-tarde e boa-noite têm hífen?

Depende do contexto. Quando são simplesmente usados para cumprimentar ou para falar sobre o dia/a tarde/a noite, não há hífen.

Exemplos: Bom dia, papai. Boa tarde a todos. Boa noite! Hoje está sendo um bom dia, não está?

Porém, se usados como substantivo masculino que signifique “um cumprimento” (às vezes também precedidos pelo artigo “um”), aí entra sim o hífen.

Exemplos: O professor disse a todos um bom-dia. A criança nos beijou e deu boa-noite. Abriu um sorriso de boa-tarde. Seu bom-dia foi bem estranho naquela manhã. Desconfiei daquele boa-noite.